| Jornada 1 | 21/08/2011 | VILLARREAL B | 0 | HERCULES | 1 |
| Jornada 2 | 28/08/2011 | BARCELONA B | 0 | VILLARREAL B | 2 |
| Jornada 3 | 04/09/2011 | VILLARREAL B | 3 | SABADELL | 4 |
| Jornada 4 | 11/09/2011 | ALCORCON | 1 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 5 | 18/09/2011 | VILLARREAL B | 3 | GUADALAJARA | 3 |
| Jornada 6 | 25/09/2011 | ALCOYANO | 1 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 7 | 02/10/2011 | VILLARREAL B | 3 | GIMNASTIC | 2 |
| Jornada 8 | 09/10/2011 | CORDOBA | 1 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 9 | 16/10/2011 | VILLARREAL B | 2 | GIRONA | 2 |
| Jornada 10 | 23/10/2011 | MURCIA | 3 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 11 | 30/10/2011 | VILLARREAL B | 2 | CELTA | 3 |
| Jornada 12 | 06/11/2011 | ELCHE | 3 | VILLARREAL B | 0 |
| Jornada 13 | 13/11/2011 | VILLARREAL B | 2 | ALMERIA | 1 |
| Jornada 14 | 20/11/2011 | VALLADOLID | 2 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 15 | 27/11/2011 | VILLARREAL B | 0 | NUMANCIA | 0 |
| Jornada 16 | 04/12/2011 | LAS PALMAS | 3 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 17 | 11/12/2011 | VILLARREAL B | 3 | XEREZ | 1 |
| Jornada 18 | 18/12/2011 | HUESCA | 1 | VILLARREAL B | 0 |
| Jornada 19 | 08/01/2012 | RECREATIVO | 3 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 20 | 15/01/2012 | VILLARREAL B | 0 | CARTAGENA | 0 |
| Jornada 21 | 22/01/2012 | DEPORTIVO | 1 | VILLARREAL B | 0 |
| Jornada 22 | 29/01/2012 | HERCULES | 0 | VILLARREAL B | 2 |
| Jornada 23 | 05/02/2012 | VILLARREAL B | 0 | BARCELONA B | 0 |
| Jornada 24 | 12/02/2012 | SABADELL | 3 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 25 | 19/02/2012 | VILLARREAL B | 0 | ALCORCON | 3 |
| Jornada 26 | 26/02/2012 | GUADALAJARA | 0 | VILLARREAL B | 2 |
| Jornada 27 | 04/03/2012 | VILLARREAL B | 4 | ALCOYANO | 3 |
| Jornada 28 | 11/03/2012 | GIMNASTIC | 0 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 29 | 18/03/2012 | VILLARREAL B | 1 | CORDOBA | 1 |
| Jornada 30 | 21/03/2012 | GIRONA | 2 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 31 | 25/03/2012 | VILLARREAL B | 2 | MURCIA | 0 |
| Jornada 32 | 01/04/2012 | CELTA | 2 | VILLARREAL B | 0 |
| Jornada 33 | 08/04/2012 | VILLARREAL B | 2 | ELCHE | 0 |
| Jornada 34 | 15/04/2012 | ALMERIA | 0 | VILLARREAL B | 0 |
| Jornada 35 | 22/04/2012 | VILLARREAL B | 0 | VALLADOLID | 1 |
| Jornada 36 | 29/04/2012 | NUMANCIA | 0 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 37 | 06/05/2012 | VILLARREAL B | 1 | LAS PALMAS | 4 |
| Jornada 38 | 13/05/2012 | XEREZ | 0 | VILLARREAL B | 1 |
| Jornada 39 | 16/05/2012 | VILLARREAL B | 4 | HUESCA | 2 |
| Jornada 40 | 20/05/2012 | VILLARREAL B | 2 | RECREATIVO | 0 |
| Jornada 41 | 27/05/2012 | CARTAGENA | 6 | VILLARREAL B | 2 |
| Jornada 42 | 03/06/2012 | VILLARREAL B | 0 | DEPORTIVO | 1 |